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gitのリポジトリを作成した時にデフォルトのテンプレート(hooksとか)を設定する

リポジトリ共通のテンプレートが有るなら、 下記に書いておくと作成した時に適用される。

/usr/share/git-core/templates/

多分一番使うであろうは

/usr/share/git-core/templates/hooks

ここのフックスクリプトでしょうね。